โมบิลสูท กันดั้ม ซี้ดแอสเทรย์ เป็นมังงะอีกหนึ่งซีรีส์ที่เนื้อเรื่องควบคู่ไปกับโมบิลสูทกันดั้มซี้ด โดยกล่าวถึงกันดั้มลับ 3 เครื่องตระกูล Astray Serie ของอาณาจักรออร์บ ที่ถูกสร้างอย่างลับๆที่เดียวกับที่สร้างกันดั้มตระกูล Gat-X Serie โดยที่กองทัพโลกไม่รู้เห็น หลังจากเหตุการณ์สเปซโคโลนีเฮลิโอโปลิส ล่มสลายเพราะการสู้รบระหว่างกองทัพโลกกับซาฟภายในสเปซโคโลนีเฮลิโอโปลิส นักกู้ซากชื่อว่า โลว์ กิล ซึ่งมากับยานนักกู้ซาก ได้มาพบชิ้นส่วนแขนขวาของกันดั้ม P01-Gold Frame (Gundam Astray Gold Frame) และกันดั้มที่อยู่ในสภาพสมบูรณ์ที่ชื่อว่า กันดั้ม P02-Red Frame (Gundam Astray Red Frame) และกันดั้ม P03-Blue Frame (Gundam Astray Blue Frame) และหลังจากนั้นตัวโลว์ กิล ก็ได้พบกับเรื่องราวต่างๆ มากมาย ไม่ว่าจะเป็นการปรากฏตัวของไก มุราคุโมะ หัวหน้าทหารรับจ้างกลุ่มเซอร์เพนต์ เทล ซึ่งจะมาเป็นนักบิน Gundam Astray Blue Frame การปรากฏตัวของ Gundam Astray Gold Frame รวมทั้งความลับที่ไม่ได้กล่าวไว้ในซีรีส์ปกติและเรื่องราวทั้งหมดนี้จะเป็นเหตุการณ์ที่จะควบคู่ไปกับเนื้อเรื่องของโมบิลสูทกันดั้มซี้ด ตั้งแต่ช่วงแรกจนถึงตอนสุดท้ายของเรื่องเรื่องราวของซีรีส์ แอสเทรย์ จับเอาภาพของอีกด้านหนึ่งของสงครามระหว่างเนเญอรัลกับโคออร์ดิเนเตอร์ผ่านทางโลว์ กิล และกลุ่ม Junk Shop (กลุ่มนักกู้ซากหรือกู้ขยะที่หลงเหลือจากสงคราม) โลว์ได้พบกับเหตุการณ์ต่างๆ มากมาย โดยบางช่วงของเรื่องจะสามารถนำไปผูกกับเนื้อเรื่องของภาคหลักด้วย อย่างเช่นเรื่องที่ทำไม คิระ ยามาโตะ ถึงรอดมาจากการระเบิดของอีจีส...เนื้อเรื่องของแอสเทรย์จะดำเนินเรื่องไปควบคู่กับเนื้อเรื่องหลัก มีตัวละครมากมายที่บางตัวก็ยังเชื่อมไปสู่เนื้อเรื่องหลักได้เช่นกันการดำเนินเรื่องของกันดั้มซี้ด แอสเทรย์ในช่วงแรกจะมีการข้ามเล่มไปมาระหว่างมังงะโมบิลสูทกันดั้มซี้ด แอสเทรย์ซึ่งวาดโดยโคอิจิ โทคิตะ โมบิลสูทกันดั้มซี้ด แอสเทรย์อาร์ซึ่งวาดโดยโทดะ ยาสึนาริและนิยายประกอบภาพถ่ายโมบิลสูทกันดั้มซี้ด แอสเทรย์บี ซึ่งเมื่อเนื้อเรื่องของโมบิลสูทกันดั้มซี้ด แอสเทรย์จบลงก็ได้มีภาคต่อคือโมบิลสูทกันดั้มซี้ด เอ็กซ์แอสเทรย์ เมื่ออะนิเมะโมบิลสูทกันดั้มซี้ดเดสทินีออกฉายก็ได้เริ่มภาคใหม่คือโมบิลสูทกันดั้มซี้ด เดสทินีแอสเทรย์ซึ่งมีทั้งฉบับมังงะและนิยายประกอบภาพถ่าย และโมบิลสูทกันดั้มซี้ด เดลต้าแอสเทรย์ซึ่งลงตีพิมพ์หลังจากที่กันดั้มซี้ด C.E.73 สตาร์เกเซอร์ออกฉาย มังงะภาคต่อมาก็คือโมบิลสูทกันดั้มซี้ด เฟรมแอสเทรย์ ซึ่งเปิดเผยกันดั้มแอสเทรย์เครื่องที่สี่ ภาคปัจจุบันของกันดั้มแอสเทรย์ก็คือโมบิลสูทกันดั้มซี้ด เวอร์ซัสแอสเทรย์